Na infância, a doença celíaca ocorre principalmente após 3-6 meses, após a introdução de alimentos que contenham glúten (sêmola, etc.). Os sintomas clássicos são: distúrbios de crescimento com estagnação ou mesmo perda de peso, falta de apetite, vômitos, diarreia (no entanto, fezes normais ou obstipação não excluem doença celíaca), estômago inchado. Também são sintomas possíveis: alterações de personalidade incluindo choro ou mau humor, falta de interesse em brincar. Quanto mais velhas as crianças são quando a doença começa, mais frequentemente há processos atípicos sem o quadro clássico conhecido da Doença Celíaca.
A doença também pode se manifestar através de um único sintoma. Com a chamada doença celíaca temporária (transitória) na infância (principalmente com menos de 2 anos de idade), são apresentados resultados clínicos, sorológicos e histológicos distintos relativos à doença celíaca. Através de uma dieta sem glúten estes resultados são reduzidos. Se o glúten for reintroduzido na dieta anos mais tarde, os pacientes permanecerão assintomáticos.
As doenças intestinais infecciosas e alérgicas são responsáveis por esta forma de Doença Celíaca. Caso o diagnóstico de doença celíaca seja feito em crianças com menos de dois anos de idade, os especialistas sugerem uma exposição adicional ao glúten. Na doença celíaca transitória, os sintomas não reaparecem após um determinado período de tempo, mesmo com exposição ao glúten, e não há reações sorológicas ou histológicas. Muitas vezes fala-se erroneamente da cura da doença. Porém, se nestas crianças também não existe predisposição genética, não podemos falar de doença celíaca no sentido mais estrito. Portanto, também não podemos falar de cura.