Çölyak hastalarının çoğunda, glutensiz diyete geçildiği anda gastrointestinal semptomlar çoğunlukla hemen ortadan kalkar. Diğer hastalar birkaç hafta veya ay içinde semptomlarda belirgin bir klinik iyileşme fark ederler. Sadece nadir durumlarda semptomlar ancak bir yıl sonra kaybolur.