Kesin tanı ancak ince bağırsağın biyopsisi ile verilebilir. Biyopsi sırasında doku parçaları alınır ve potansiyel bir villous atrofisini belirlemek için histolojik olarak incelenir.
Serolojik muayeneler
Serolojik muayeneler çölyak hastalığı şüphesini doğrulayabilir. Burada her şeyden önce lgA kategorisinin anti-transglutaminaz-antikorları (ATA) incelenir. Bu son derece güvenilir ve rutin bir kan testidir. Anti-endomysium-antikorların (EMA) belirlenmesi de bir o kadar önemli ama daha az yaygındır. lgA ve lgG kategorisinin anti-gliadin-antikorları (AGA), diğer antikorlardan daha net bir sonuç verdikleri için özellikle 3 yaşın altındaki çocuklarda önemlidir. AGA-lgG'nin izole edilmiş değişimi, lgA eksikliği olan çocuklar dışında, tek başına bir tanı için yeterince belirleyici değildir.
İnce bağırsağın biyopsisi
Olumlu serolojik sonuçlarla, bir gastroskopi yoluyla yapılan ince bağırsağın biyopsisi önerilir. Olumlu serolojik sonuçların yanı sıra ince bağırsak bölgesinde tipik değişiklikler varsa (villous atrofisi, ince bağırsağın mukoza zarındaki antikorların artması), çölyak hastalığının tanısı kesinlikle doğrulanabilir.
Dayanıklılık testi
Şüphe durumunda (çölyak hastalığı açıkça teşhis edilemeyince) bazı gastroenterologlar, glutensiz bir diyete 2 yıl bağlı kaldıktan sonra, kısa bir süre için glutenin diyete yeniden dahil edilmesini önerir. Yeni bir gluten alımından sonra birkaç ay içinde klinik ve biyoptik nüks meydana gelirse (nadiren yıllar sonra vakalarda) tanı doğrulanabilir. Glutene maruz kalma sıkı tıbbi gözetim altında gerçekleşmelidir.