A leggyakoribb megnyilvánulások közé tartozik a hasmenés, a testsúlycsökkenés és az általános gyengeség, a hasi puffadás és hasi fájdalom, a hányás, valamint gyermekeknél a növekedés elmaradása. Más tünetek a bélrendszeren kívül jelentkeznek, ilyen például a vérszegénység, a csontritkulás, az amenorrhoea (menstruáció elmaradása), illetve vitamin- vagy ásványianyag-hiány. Egyes tünetek olyan kórképekből erednek, amelyek a cöliákiához társulnak.
A cöliákia azonban nem mindig ugyanúgy jelentkezik; többféle klinikai formája létezik, amelyeket a diagnózis felállítása során figyelembe kell venni. A különböző klinikai megjelenési formák két nagy csoportra oszthatók:
- a tipikus esetekre, amelyek kifejezett gyomor-bélrendszeri tünetekkel járnak (ezek napjainkban már kisebbségben vannak), valamint
- a gyakoribb, atípusos esetekre, amelyekre inkább bizonytalan, nehezen körülírható tünetek jellemzők, mint például a colitis (az úgynevezett „irritábilis bél szindróma”) vagy a szájon át adott kezelésre nem reagáló vashiány.
Léteznek úgynevezett néma (silent) formák is, amelyeket olykor tünetmentes, de fokozott kockázatú személyeknél (például cöliákiás betegek családtagjainál vagy szűrővizsgálaton áteső cukorbetegeknél) diagnosztizálnak. Ezekben az esetekben a tünetek látszólagos hiánya megtévesztő, mivel a kezelés megkezdése után az általános közérzet jelentős javulása figyelhető meg.
Végül, egyes betegeknél a cöliákia gyanúja nem bélrendszeri panaszok alapján merül fel, hanem olyan társuló betegségek miatt, mint például a dermatitis herpetiformis, aftás szájnyálkahártya-gyulladás, cukorbetegség, csontritkulás, termékenységi zavarok, pajzsmirigy-gyulladás, allergiák, ételintolerancia vagy különféle neurológiai kórképek. Egyéni – szerencsére nagyon ritka – esetekben a cöliákia már kezdetben is súlyos szövődményekkel jelentkezhet, például fekélyes vékonybélgyulladással vagy bélrendszeri limfómával.