Chez les nourrissons, la maladie cœliaque se déclare généralement dans les 3 à 6 mois après le début de l'introduction de l'alimentation avec gluten (bouillie, etc.). Les symptômes classiques sont les suivants :
- troubles de la croissance avec stagnation voire perte de poids
- manque d'appétit
- vomissement
- diarrhées (cependant, même des selles normales ou la constipation n'excluent pas totalement la maladie cœliaque)
- ventre ballonné
Ce qui suit est également possible :
- changements de comportement, l'enfant devient pleurnicheur, est de mauvaise humeur
- l’enfant ne s'intéresse plus aux jeux
Plus l'enfant sera âgé à l'apparition de la maladie, plus fréquent seront les déroulements atypiques, sans présenter les symptômes classiques de la cœliaque. Mais la maladie peut également se manifester par un seul et unique symptôme.
Dans la maladie cœliaque dite « transitoire », les résultats cliniques, sérologiques et histologiques univoques pour une cœliaque sont réalisés pendant la petite enfance (généralement à un âge inférieur à deux ans).
Ces résultats se réduisent grâce à l'alimentation sans gluten. Lorsque des années plus tard le gluten est réintroduit dans l'alimentation, les patients ne présentent plus de symptômes. Des maladies intestinales infectieuses et allergiques sont responsables de cette forme de maladie cœliaque.
Si la maladie cœliaque est diagnostiquée chez des enfants de moins de deux ans, de nombreux experts recommandent une nouvelle surcharge de gluten. En cas de cœliaque transitoire, les symptômes ne réapparaissent plus après quelque temps sous surcharge renouvelée de gluten. Il n'y a plus aucune réaction sérologique ou histologique. On parle souvent, et à tort, de guérison de la cœliaque. Si ces enfants présentent par ailleurs une prédisposition génétique, il ne s'agit pas d'une cœliaque au sens strict. On ne peut donc pas non plus parler d'une guérison.