No que também é conhecido como doença celíaca silenciosa, os doentes podem ter sintomas gastrointestinais ligeiros sem sinais claros de má absorção, ou podem ter sintomas aparentemente não relacionados. Podem sofrer de inchaço e dor abdominal, e/ou alguns de uma vasta gama de outros sintomas, incluindo: anemia por deficiência de ferro, fadiga crónica, enxaqueca crónica, neuropatia periférica (formigueiro, dormência ou dor nas mãos ou pés), hipertransaminasemia crónica inexplicada (enzimas hepáticas elevadas), redução da massa óssea e fraturas ósseas, e deficiência de vitaminas e minerais (incluindo vitamina B12 e cálcio), dificuldade em perder peso, menarca tardia/menopausa precoce e infertilidade inexplicável, defeitos de esmalte dentário, depressão e ansiedade, e dermatite herpetiforme, uma erupção cutânea com prurido.