Nietolerancja laktozy i celiakia często występują równocześnie, jednak z różnych powodów.
Przed postawieniem diagnozy, a także w pierwszym okresie, u osób cierpiących na celiakię może również występować nietolerancja laktozy spowodowana uszkodzeniem błony śluzowej jelita cienkiego. Jednak w niektórych przypadkach nietolerancja laktozy może utrzymywać się po rozpoczęciu diety bezglutenowej i normalizacji błony śluzowej. Wynika to z genetycznie uwarunkowanego braku jednego z enzymów, co generalnie występuje bardzo często w populacji południowoeuropejskiej, ale nie jest spowodowane celiakią. W takich przypadkach spożycie produktów spożywczych zawierających laktozę (zwłaszcza mleka) może prowadzić do utrzymywania się objawów, takich jak ból brzucha lub wzdęcia. Leczenie nietolerancji laktozy polega na unikaniu produktów żywnościowych zawierających wysoki poziom laktozy (mleko pełnotłuste, lody mleczne, serki śmietankowe). Zamiast mleka pełnotłustego można spożywać mleko bez laktozy, które jest dostępne w każdym supermarkecie. Ponieważ osoby dotknięte chorobą tolerują pewną ilość laktozy, produkty mleczne, takie jak jogurt lub twardy ser, są przeważnie nieszkodliwe.
Firma Schär oferuje również szeroką gamę produktów bez laktozy.