L'intolérance au lactose et la maladie cœliaque apparaissent souvent ensemble, mais pour des raisons différentes.
Avant le diagnostic et également pendant la première période, le sujet cœliaque peut aussi présenter une intolérance au lactose, provoquée par la présence d’une lésion de la muqueuse de l’intestin grêle. Toutefois, dans certains cas, l’intolérance au lactose peut persister même après le début d’un régime sans gluten et la normalisation de la muqueuse. Cette situation peut dépendre d’une carence enzymatique sur base génétique assez fréquente dans la population générale, particulièrement dans les pays de l’Europe méridionale qui n’a rien à voir avec la cœliaquie elle-même. Dans ces cas, la consommation d’aliments contenant du lactose (en particulier le lait) peut provoquer des symptômes persistants comme des maux d'estomac et des flatulences. Pour traiter cette intolérance au lactose, il convient d’éviter les aliments riches en lactose (lait entier, glace au lait, fromage à la crème). À la place du lait entier, il est conseillé de consommer un lait sans lactose, disponible dans tous les supermarchés. Comme les personnes atteintes peuvent tolérer une certaine quantité de lactose, les produits laitiers, comme le yaourt ou le fromage à pâte dure, sont la plupart du temps inoffensifs.
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