Kõige sagedasemad ilmingud on kõhulahtisus, kehakaalu langus ja üldine nõrkus, kõhu paisumine ja kõhuvalu, oksendamine ning lastel kasvu aeglustumine. Teised sümptomid võivad ilmneda väljaspool soolestikku, näiteks aneemia, osteoporoos, amenorröa ning vitamiinide või mineraalainete puudus. Mõned sümptomid tulenevad haigusega seotud patoloogiatest. Tsöliaakia ei ilmne siiski alati ühtemoodi, vaid sellel on erinevaid kliinilisi vorme, mida tuleb diagnoosimisel arvesse võtta. Tsöliaakia erinevad kliinilised ilmingud võib jagada tüüpilisteks juhtudeks, millel on selged seedetrakti sümptomid (need juhtumid on tänapäeval vähemuses), ja sagedasemateks ebatüüpilisteks juhtudeks, mida iseloomustavad ebamäärased sümptomid, nagu koliit (nn „ärrituv soolestik“) või rauapuudulikkus, mis on resistentne suukaudsele ravile. On ka vaikivad vormid, mida diagnoositakse aeg-ajalt riskirühmades (näiteks tsöliaakiahaige perekonnaliikmetel või diabeetikutel, kes läbivad seroloogilise sõeluuringu), vaatamata ilmsete sümptomite puudumisele. Sellistel juhtudel on näiline sümptomite puudumine eksitav; pärast ravi alustamist täheldatakse üldise enesetunde märgatavat paranemist. Lõpuks kahtlustatakse seda haigust mõnel patsiendil, sest neil on mõni mitte-sooletrakti kaebus, mis võib olla seotud tsöliaakiaga, näiteks dermatitis herpetiformis, aftoosne stomatiit, diabeet, osteoporoos, viljakuse häire, kilpnäärmepõletik, allergia, toidutalumatus või neuroloogiline patoloogia. Üksikutel - õnneks väga harvadel - juhtudel avaldub tsöliaakia algusest peale raskete tüsistustega, nagu haavandiline jejunoileiit või soole lümfoom.