A fruktóz intoleranciának két típusa van.
Az örökletes fruktóz intolerancia a fruktóz anyagcsere örökölt zavara, egy ritka enzimhiba, amely a fruktóz lebontását érinti a májban. Az Aldoláz B enzim hiánya okozza. A következménye enyhe vagy erős hipoglikémia (alacsony vércukorszint).
Sokkal gyakoribb a bélrendszeri fruktóz intolerancia, amit általában fruktóz felszívódási zavarnak hívnak. Ez a lakosság 30-40%-át érinti. A fruktóz felszívódási zavar oka a fruktóz felszívódását segítő fehérje, a GLUT-5 hibája, amely normál esetben átjuttatja a vékonybél nyálkahártyáján a fruktózt. A fruktóz felszívódási zavar esetén ez elmarad, és a fruktóz eljut a vastagbélbe, ahol olyan tüneteket okoz, mint a felfúvódás, a hasfájás és a hasmenés. A fruktóz felszívódási zavar terápiája a fruktózban szegény étrend, amelynél a fruktózzal szembeni egyéni tolerancia szintje nagy szóródást mutat. Ezenfelül el kell kerülni az olyan mesterséges édesítőszereket, mint a szorbit, a mannit vagy a xilit, mivel ezek gátolják a fruktóz felszívódását. A tanulmányok szerint az arányaiban több glükózt, mint fruktózt tartalmazó ételek jobban tolerálhatók. Az engedélyezett élelmiszereket tartalmazó listák hozzáférhetők.
A lisztérzékenységgel Lisztérzékenység esetén azonban a vékonybél nyálkahártya sérülésével kifejlődhet ideiglenes fruktóz intolerancia. Ez általában eltűnik, amikor a gluténmentes diéta követése során regenerálódik a nyálkahártya.