Odhaduje se, že 30 až 69 % pacientů s celiakií trpí příznaky deprese (apatie, úzkost, podrážděnost), a to častěji ženy než muži. Jedním z častých příznaků je také sociální úzkost vyplývající z poruch trávicí soustavy a obavy ze stigmatizace kvůli onemocnění. Deprese je také příznakem neceliakální glutenové senzitivity (NCGS), která na rozdíl od celiakie nevede k poškození střev a je způsobena jinou reakcí imunitního systému na lepek.
Těchto příznaků je možné se zbavit nebo snížit jejich závažnost vyloučením lepku ze stravy a zavedením vhodné suplementace, zejména pokud jde o kyselinu listovou a vitamin D – látky, které ovlivňují náladu a pohodu. Studie provedená v roce 2011 Penn State University zjistila, že ženy, které dodržovaly přísnější bezlepkovou dietu, měly méně příznaků deprese. Bezlepková dieta částečně nebo zcela zbavuje trávicí systém nepříjemných reakcí, které jsou u lidí s celiakií jednou z hlavních příčin zhoršení psychického stavu.
Při snaze mírnit deprese nebo úzkosti související s nesnášenlivostí lepku je však vhodné zaměřit se na více stránek. Tou základní je úprava stravy, nejlépe ve spolupráci s odborným dietologem, který pohlídá, aby byl vás jídelníček vyvážený, např. doplněním železa – jeho nedostatek způsobuje anémii. V některých případech to však nestačí. Analýza, kterou v rámci výzkumu v roce 2012 provedli Smith a Gerdes, ukázala, že pro zmírnění depresivních příznaků u pacientů s celiakií někdy není bezlepková dieta dostatečná. V takové situaci je vhodné využít pomoci odborníka, psychologa nebo psychiatra, který člověku s těmito potížemi poskytne adekvátní podporu.