FODMAP’lerin bağırsak üzerinde çeşitli fizyolojik etkileri bulunmaktadır. Bu karbonhidratların bazı bireylerde neden İrritabl Bağırsak Sendromu (IBS) semptomlarını tetikleyebildiğini anlamak için sindirim ve emilim süreçlerinin bilinmesi önemlidir.
Normal sindirim sürecinde besinler sindirim sistemi boyunca ilerlerken sindirim sıvıları ve enzimlerle parçalanır. Bu süreç sonucunda ortaya çıkan besin ögeleri bağırsaklardan emilerek vücut tarafından kullanılırken, sindirilemeyen artık maddeler dışkı yoluyla vücuttan uzaklaştırılır.
Bazı FODMAP türleri, tüm bireylerde tam olarak sindirilemeyen veya emilemeyen karbonhidratlardır. Ancak araştırmalar, IBS’li bireylerin bağırsaklarının bu bileşiklere karşı daha duyarlı olduğunu göstermektedir. Bu nedenle FODMAP’lerin bağırsaktaki etkileri, IBS’li kişilerde semptomların ortaya çıkmasına veya mevcut semptomların şiddetlenmesine neden olabilmektedir.
FODMAP’ler ince bağırsağa ulaştıklarında yeterince emilemez ve bağırsak lümeninde kalırlar. Burada osmotik etkileri nedeniyle bağırsak içine su çekerek bağırsak içeriğinin hacmini artırırlar. Bu durum, özellikle hassas bağırsak yapısına sahip bireylerde ishal, karın ağrısı ve rahatsızlık hissi gibi semptomların gelişmesine katkıda bulunabilmektedir.
Ayrıca emilemeyen FODMAP’ler kalın bağırsağa ulaştıklarında bağırsak bakterileri tarafından hızla fermente edilir. Bu fermantasyon sonucunda gaz oluşur ve bağırsaklarda gerilme meydana gelir. Bağırsak hassasiyeti artmış olan IBS’li bireylerde bu durum şişkinlik, gaz, karın ağrısı ve bağırsak alışkanlıklarında değişikliklere yol açabilmektedir.