FODMAP'lerin bağırsakta çok çeşitli etkileri vardır. Bu şekerlerin bazı insanlarda neden IBS semptomlarını tetikleyebildiğini anlamak için besinlerin sindirim ve emilim sürecini anlamak gerekir.
Sağlıklı sindirim sırasında, gıda sindirim sisteminden geçer ve onu parçalamak için sindirim sıvıları ile karışır. Daha sonra yiyeceklerden alınan besinler vücut tarafından emilir ve atık ürünler (dışkı yoluyla) çıkarılır.
Bazı FODMAP'lerin herkesin bedenlerinde parçalanması daha zordur, ancak araştırmalar IBS'li kişilerin daha hassas bir bağırsağa sahip olma eğiliminde olduğunu göstermiştir. FODMAP'lerin bağırsakta bir dizi etkisi vardır, ancak sadece IBS tipi semptomları daha da kötüleştirdiğinden şüpheleniliyorsa kısıtlanması gerekir.
FODMAP'ler ince bağırsağa ulaştıklarında orada kalırlar ve su çekerler. Bu, suyun bağırsaktan daha fazla geçişine neden olur.