Εκτός από τα άτομα με κοιλιοκάκη και μη σχετιζόμενη με κοιλιοκάκη ευαισθησία στη γλουτένη, δεν υπάρχει επικρατούσα ιατρική συναίνεση σχετικά με τη σύσταση μιας διατροφής χωρίς γλουτένη για άλλα προβλήματα υγείας. Ωστόσο, και άλλες παθήσεις έχουν συνδεθεί με την κατανάλωση τροφίμων που περιέχουν γλουτένη, παρότι η σχέση αυτή δεν έχει ακόμη πλήρως διευκρινιστεί. Χαρακτηριστικό παράδειγμα αποτελεί το σύνδρομο ευερέθιστου εντέρου (ΣΕΕ), μια συχνή διαταραχή του πεπτικού συστήματος.
Μία μελέτη που δημοσιεύτηκε από το International Journal of Colorectal Disease έδειξε ότι περίπου το ένα τρίτο των ατόμων που πάσχουν από Σύνδρομο Ευερέθιστου Εντέρου (IBS) έχουν παρατηρήσει βελτίωση στα συμπτώματά τους όταν ακολουθούν μια διατροφή χωρίς γλουτένη. Ωστόσο, απαιτείται περαιτέρω έρευνα για να διαπιστωθεί αν η βελτίωση αυτή οφείλεται στην αποφυγή της γλουτένης ή στη μειωμένη πρόσληψη υδατανθράκων, και ιδιαίτερα μιας συγκεκριμένης κατηγορίας ζυμώσιμων υδατανθράκων που ονομάζονται FODMAPs, οι οποίοι απαντώνται επίσης στο σιτάρι, το κριθάρι και τη σίκαλη.
Σε ορισμένα άτομα, η γλουτένη φαίνεται να ενεργοποιεί την παραγωγή ζονουλίνης, μιας πρωτεΐνης που μπορεί να αυξήσει τη διαπερατότητα του εντερικού φραγμού, χαλαρώνοντας τις στενές συνδέσεις μεταξύ των κυττάρων του λεπτού εντέρου.
Άλλες έρευνες έχουν δείξει ότι η γλουτένη μπορεί να διαδραματίζει ρόλο στην αύξηση της εντερικής διαπερατότητας, μια κατάσταση γνωστή και ως «διαρρέον έντερο» (leaky gut), η οποία φαίνεται να σχετίζεται με γαστρεντερικές παθήσεις όπως η κοιλιοκάκη, η νόσος του Crohn και το σύνδρομο ευερέθιστου εντέρου (IBS). Ορισμένες μελέτες υποστηρίζουν επίσης ότι το «διαρρέον έντερο» ενδέχεται να συνδέεται με άλλα αυτοάνοσα νοσήματα, όπως ο διαβήτης τύπου 1, ο λύκος και η σκλήρυνση κατά πλάκας, καθώς και με το σύνδρομο χρόνιας κόπωσης, την αρθρίτιδα, την ινομυαλγία, τις αλλεργίες, το άσθμα, την ακμή, την παχυσαρκία και ακόμη και ορισμένες ψυχικές διαταραχές. Ωστόσο, απαιτείται περισσότερη έρευνα προκειμένου να τεκμηριωθεί με σαφήνεια η σχέση αιτίου και αποτελέσματος.
Γι’ αυτούς και άλλους λόγους, πολλοί άνθρωποι έχουν επιλέξει να ακολουθήσουν μια διατροφή χωρίς γλουτένη.