Ondanks talrijke medische bezoeken en een grondig onderzoek, wordt er vaak geen fysieke oorzaak geïdentificeerd. Recent onderzoek van de KU Leuven wijst op een mechanisme achter het ontstaan van PDS. Ze identificeerden biologische processen die schuilgaan achter de darmklachten. Daarmee leveren ze verder bewijs dat er wel degelijk fysiek iets misgaat.
De wetenschappers lieten zien dat een bacteriële infectie in de darmen grote verandering teweeg kan brengen in de lokale reactie van het afweersysteem. Daardoor ziet het afweer systeem ineens bepaalde voeding als schadelijk. Normaal reageert ons immuunsysteem niet op wat we eten, maar bij PDS patiënten komen bepaalde cellen van het immuunsysteem, mestcellen genoemd, toch in actie en maken ze een stof genaamd histamine aan, met pijn en ongemak als gevolg. Dit verklaart waarom de onderzoekers al eerder opmerkten dat antihistaminica verlichting bieden. Verstoringen in de loop van de tijd kunnen echter niet worden genegeerd, omdat ze de kwaliteit van leven aanzienlijk kunnen verslechteren.