Bei der Mehrzahl der Patienten mit Zöliakie verschwinden die gastrointestinale Beschwerden meist promt nach Umstellung auf eine glutenfreie Ernährung. Die übrigen Patienten bemerken eine deutliche klinische Besserung der Beschwerden innerhalb von wenigen Wochen bis Monaten.
Nur in seltenen Fällen verschwinden die Symptome erst nach einem Jahr.